Das Kloster Tawang wurde wie eine Festung erbaut, da im 17. Jahrhundert andere Sekten des Buddhismus den Absichten von Merak Lama, ein Kloster zu errichten, feindlich gegenüberstanden. Die Anlage diente somit auch dem Zwecke der Verteidigung. Tawang wurde während des indisch-chinesischen Grenzkriegs 1962 von chinesischen Truppen besetzt, wobei das Kloster keinen Schaden erlitt. Zuvor hatte der derzeitige (14.) Dalai Lama 1959 im Kloster Tawang Zuflucht gefunden, als er nach dem gescheiterten Aufstand gegen die chinesische Besetzung aus Tibet floh.