El monasterio de Tawang está construido como una fortificación ya que, en el siglo XVII, otras sectas del budismo fueron hostiles a las intenciones de Merak Lama de construir un monasterio. Por lo tanto, el complejo fue construido con la defensa en mente. El monasterio también fue ocupado durante la guerra fronteriza indo-china en 1962 por tropas chinas, aunque no causaron ningún daño. Antes de eso, el actual y decimocuarto Dalai Lama se refugió en el monasterio en 1959, cuando huyó del Tíbet después del fallido levantamiento contra la ocupación china.